В соответствии с направлениями научной деятельности институт располагает следующими подразделениями:

отдел изучения курортных ресурсов (ОКР) выполняет работы, связанные с исследованиями лечебных природных ресурсов;

отдел изучения механизмов действия физических факторов (ОИМДФФ) (включающий в себя виварий) выполняет фундаментальные разделы исследований по клиническим направлениям в эксперименте на животных и обеспечивает исследования в клиническом эксперименте;

клиники института для взрослых пациентов: Пятигорская (110 коек), Железноводская (185 коек), Ессентукская (150 коек) и Кисловодская (130 коек) - являются базой для выполнения научных исследований по основному клиническому направлению;

детское отделение Пятигорской клиники (120 коек) обеспечивает научные работы по педиатрическому направлению;

административная часть осуществляет общее руководство, бухгалтерское сопровождение и хозяйственные работы.

    В ряде научных исследований в качестве базы для научных исследований использовались санатории Северо-Кавказского зонального управления санаториев МЗ РФ ("Салют", им. Крупской - Железноводск; им. Кирова и "Горячий Ключ" - Пятигорск; "Юность" - Ессентуки; "Смена" - Кисловодск).

    В настоящее время в институте трудятся 16 докторов и 25 кандидатов наук. При институте функционирует докторский диссертационный совет по специальностям «Курортология и физиотерапия» и «Внутренние болезни». Институт имеет лицензии на издательский и образовательный виды деятельности, располагает аспирантурой и ординатурой.

    Мы поддерживаем связь с рядом НИИ и профильных медицинских и медико-образовательных учреждений:

    Институтами:

Ревматизма,

Профилактической Медицины,

Урологии,

Гастроэнтерологии,

Радиологии,

Неврологии;

    Российскими центрами:

Восстановительного лечения и курортологии,

Эндокринологическим,

Кардиологическим;

    Институтами курортологии и физиотерапии:

Томским,

Сочинским,

Одесским;

    Медицинскими академиями:

Московской,

Волгоградской,

Кубанской,

Пермской;

    Медицинскими университетами:

Российским (Москва),

Самарским,

Ростовским,

Саратовским и многими другими